En una olla grande a fuego alto, hierve 3.5 litros de agua y 2 cucharadas de sal kosher. Agrega el espagueti y cocina de acuerdo con las instrucciones del paquete hasta que esté al dente.
En una sartén grande a fuego medio-alto, calienta el aceite de oliva (caliente no humeando). Agrega las chalotas y el ajo. Saltea hasta que estén doradas, unos 30 segundos.
Agrega el vino, las hojuelas de pimiento rojo, 3/4 de cucharadita de sal kosher, las almejas (previamente remojadas) y 1/4 de taza de perejil. Lleva a fuego lento, tapa y cocina hasta que las almejas se abran, de 6 a 8 minutos. Desecha las almejas que no abrieron.
Escurre el espagueti en un colador y reserva 1/2 taza del agua de cocción. Agrega la pasta a la sartén con las almejas.
Sube el fuego a medio y cocina los espaguetis con las almejas, revolviendo ocasionalmente, hasta que la pasta absorba la mayor parte de la salsa y esté tierna, de 1 a 2 minutos. Si es necesario, agrega un poco de agua de cocción para mantener la humedad. Retira la sartén del fuego.
Agrega la mantequilla, la ralladura de limón, el jugo de limón y las 2 cucharadas restantes de perejil; revuelve para cubrir.
Prueba y ajusta con más sal, ralladura de limón y/o jugo de limón, si es necesario.
Transfiere a un plato y sirve.